Jun, 2022

基于 MIScnn 框架的乳腺癌核分割及分析

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TL;DR使用 NuCLS 数据库创建了多评估者模型来自动化分析乳腺癌中的细胞核，该模型采用了 MIScnn 框架中广泛采用的 U-Net 方法，并进行了预处理和数据探索。使用多种评估指标对最终模型进行了测试，并与 NuCLS 研究结果进行了比较和解释，给出了今后细胞核模型发展的重要指示。
发现论文，激发创造
  • NuCLS: 一种可扩展的众包深度学习方法与数据集，用于细胞核分类、定位和分割

    本文中，我们介绍了一种吸引医学生和病理学家参与的方法，用于在乳腺癌中标注细胞核的数据集，其中建议的注释可以通过弱算法来改善，该算法可用于训练分割算法，这种方法被称为 DTALE，旨在通过核分割和形态学特征来提高核分类模型的透明度。

    Feb, 2021

  • NuClick: 一个用于显微镜图像交互式分割的深度学习框架

    本论文提出了一种基于 CNN 的方法 NuClick，可以快速收集核、细胞，以及腺体细胞等许多应用于计算机病理学 / 细胞学的计算机处理对象的注释，并提出了一种新的引导信号，使 NuClick 能够分割腺体的边界。在实验证明，NuClick 能够适应不同的目标尺度，对用户输入的不同变化具有强大的鲁棒性，并且提供可靠的标注，对它标准产生的实例分割模型在 LYON19 挑战中获得了第一名。

    May, 2020

  • NuInsSeg：H＆E 染色组织学图像中核实例分割的全面注释数据集

    我们发布了一个大规模的手工标注的细胞核数据集 NuInsSeg，其中包含来自 31 个人和小鼠器官的 665 个图像补丁，超过 30,000 个手动分割的细胞核。此外，我们首次提供了整个数据集的模糊区域掩模，用于表示图像的某些部分即使对于人类专家来说也无法精确和确定地进行手动注释。

    Aug, 2023

  • 基于实例感知的无监督核分割学习

    本文提出了一种自监督学习框架，通过对卷积神经网络进行尺度三元组学习和数量排序等两个子任务，隐式地利用细胞核大小和数量的先验知识，从原始数据中挖掘出特征表示，最终在公开数据集上取得了非常好的结果，大大提高了细胞核实例分割的准确性。

    Jul, 2020

  • 利用弱监督定位的可解释分类器，用于高分辨率乳腺癌筛查图像

    本研究将全局感知多实例分类器应用于医学图像分析中，该模型可以通过图像级标签训练，生成可能恶性发现的像素级显著性图，并应用于乳腺癌筛查，在性能和速度方面胜过了 ResNet-34 和 Faster R-CNN 模型。

    Feb, 2020

  • PanNuke 数据集扩展、见解和基线

    本研究旨在探讨如何利用深度学习算法对组织切片图像的细胞核进行分割和分类，并针对目前深度学习算法在实际医疗应用方面面临的挑战提出建议和研究方向。

    Mar, 2020

  • 数字癌症组织的多器官细胞核同时语义分割、实例分割和分类的自底向上三合一框架

    通过引入附加的解码器头部使用独立的加权损失函数，该研究提出了对数字组织学中核的同时实例分割和分类的多阶段方法，以在高质量实例分割和核分类方面取得了显著的性能改进，并且在 19 种类型的组织上具有广泛的适用性和较低的复杂性。

    Aug, 2023

  • TransNuSeg: 用于核分割的轻量级多任务 Transformer

    TransNuSeg 是第一个仅采用 Transformer 框架进行核分割的尝试，解耦了核实例、核边缘和聚集边缘分割等任务，采用了新型的自蒸馏（self distillation）损失和部分共享注意力的方案，取得了比 CA2.5-Net 更好的性能。

    Jul, 2023

  • 自动细胞核分割的 Mask-RCNN 适应性

    本文利用 Mask-RCNN 算法，对多种环境下细胞核的显微图像进行高效自动分割。

    May, 2018

  • 面向全球的乳腺癌筛查多实例分类器

    本文提出了一个神经网络模型，利用全局关注图和多个局部区域的信息来分类乳腺癌病变，该模型能够在筛查乳腺 X 线照片的解释方面实现放射科医师水平的性能，并生成可能的恶性发现的像素级显著图。

    Jun, 2019