Oct, 2023
摘星座：通过分层粗化的 SO (3) 等变自编码器实现蛋白质结构的可扩展建模
Ophiuchus: Scalable Modeling of Protein Structures through Hierarchical Coarse-graining SO(3)-Equivariant Autoencoders
Allan dos Santos Costa, Ilan Mitnikov, Mario Geiger, Manvitha Ponnapati, Tess Smidt...
TL;DR通过引入 Ophiuchus，一种 SO（3）- 等变粗粒化模型，我们在所有标准蛋白质残基的重原子上高效地操作，同时尊重其相关的对称性，从而缩小这个差距，并采用局部卷积粗化模型来模拟序列模体间的相互作用。我们训练 Ophiuchus 来重建 PDB 单体的连续片段，研究其在不同压缩率下的重建能力，并检查学习到的潜在空间，演示其在构象内插中的快速应用，并将插值轨迹与 PDBFlex 数据集中的结构快照进行比较。最后，我们利用去噪扩散概率模型（DDPM）高效地采样多样的小型蛋白质可直接解码的潜在嵌入。我们的实验表明 Ophiuchus 是一种可扩展的有效蛋白质建模和生成基础。