Sep, 2023

有向、加权图的最优运输距离:以细胞间通信网络为例的案例研究

TL;DR比较最优输运的图表近期引起了相当大的关注,由于最优输运所引发的距离既提供了图表之间的合理度量,又给出了关联图表之间在输运计划方面的可解释描述;由于缺乏对称性,在通常考虑的形式中引入了挑战,因此图表的最优输运距离主要针对无向图进行了开发。在本文中,我们提出了两种基于变种最优输运的距离度量来比较有向图:(i) 汉明距离 (Wasserstein) 和 (ii) Gromov-Wasserstein (GW) 距离。我们评估了这两种距离,并讨论了它们在模拟图表数据和从单细胞 RNA 测序数据推断的真实世界有向细胞间通信图表中的相对性能。